一般納稅人購進農產品用于生產經營，是可以抵扣進項稅額的！比如超市用于銷售而采購的水果、酒樓用于餐飲服務而購買的蔬菜、建筑公司用于美化環境而購進的花卉樹木等等，企業只要取得購買這些農產品的合規票據，都是可以進行抵扣的。但是，納稅人購進農產品進項抵扣時，不同的扣除憑證可能存在不同的抵扣方式，符合條件的，還可以同時適用加計抵減政策。
1.目前，農產品增值稅適用稅率為9%（一般納稅人）需要注意的是：像以糧食為原料加工的速凍食品、方便面、玉米蛋白粉等，以及熟制的水產品和各類水產品罐頭，精制茶、水果罐頭、中成藥、酸奶等不屬于“農產品”范圍。
2.農產品免稅的情況
(1)銷售自產初級農產品；
(2)農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品；
(3)采取“公司+農戶”經營模式銷售畜禽；
(4)制種企業在特定生產經營模式下，生產銷售種子；
1.憑票抵扣
(1)一般納稅人開具的增值稅專用發票；
(2)海關進口增值稅專用繳款書；
(3)從按照3%征收率繳納增值稅的小規模納稅人處取得的增值稅專用發票；
(4)農產品收購發票或銷售發票。
另外，所謂農產品銷售發票，就是指農業生產者銷售自產農產品適用免征增值稅政策而開具的普通發票，不包括批發零售環節納稅人銷售免稅農產品開具的免稅發票和小規模納稅人開具的增值稅普通發票。
2.核定扣除
農產品增值稅進項稅額核定扣除，是指為加強農產品增值稅進項稅額抵扣管理，試點納稅人購進農產品不再憑增值稅扣稅憑證抵扣增值稅進項稅額，而是采用一定的進項稅額核定方法進行抵扣。大部分地區采用投入產出法核定農產品增值稅進項稅額。
不同農產品發票
不同的農產品發票，其進項稅額也是不同的，常見的情況有這四種：(1)在購入當期，應遵從農產品抵扣的一般規定，按照9%計算抵扣進項稅額。
(2)用于生產或者委托加工13%稅率貨物的農產品，按照10%的扣除率計算進項稅額。注意：農產品加計扣除建議分兩步走，在購入當期，應遵從農產品抵扣的一般規定，按照9%計算抵扣進項稅額；未來考慮用于生產或者委托加工13%稅率貨物的農產品，生產領用時加計1%扣除。
(1)用于初加工，以增值稅專用發票上注明的金額和9%的扣除率計算進項稅額。
(2)用于生產或者委托加工13%稅率貨物的農產品，按照10%的扣除率計算進項稅額。前文講到了小規模納稅人3%減按1%政策，那么新政策下，從小規模納稅人處取得的1%稅率的農產品進項發票，能否按照9%計算抵扣進項稅額呢？具體可以看下上篇→《稅局明確！3%的專票可以按9%抵扣！但1%的專票不行！》簡單來說：一般納稅人取得小規模銷售方開具的1%的專票到底可以抵扣9%的進項稅！
增值稅一般納稅人取得僅注明一個繳款單位信息的海關繳款書，應當登錄本省(區、市)增值稅發票選擇確認平臺(以下簡稱“選擇確認平臺”)查詢、選擇用于申報抵扣或出口退稅的海關繳款書信息。通過選擇確認平臺查詢到的海關繳款書信息與實際情況不一致或未查詢到對應信息的，應當上傳海關繳款書信息，經系統稽核比對相符后，納稅人登錄選擇確認平臺查詢、選擇用于申報抵扣或出口退稅的海關繳款書信息。
增值稅一般納稅人取得注明兩個繳款單位信息的海關繳款書，應當上傳海關繳款書信息，經系統稽核比對相符后，納稅人登錄選擇確認平臺查詢、選擇用于申報抵扣或出口退稅的海關繳款書信息。
1.購進農產品，取得（開具）農產品銷售發票或收購發票的，以農產品銷售發票或收購發票上注明的農產品買價和9%的扣除率計算進項稅額。
2.購進用于生產銷售或委托受托加工13%稅率貨物的農產品，按照10%的扣除率計算進項稅額。3.納稅人購進農產品既用于生產銷售或委托受托加工13%稅率貨物又用于生產銷售其他貨物服務的，應當分別核算用于生產銷售或委托受托加工13%稅率貨物和其他貨物服務的農產品進項稅額。未分別核算的，統一以農產品收購發票或銷售發票上注明的農產品買價和9%的扣除率計算進項稅額。
一、購進農產品沒有索取增值稅專用發票，沒有扣稅憑證，導致無法抵扣進項稅額。二、購進農產品取得稅務機關代開的增值稅專用發票，在進行增值稅納稅申報時按發票上注明的稅額（3%征收率對應的增值稅額）填列附列資料（二）第1欄和第2欄，導致少抵扣進項稅額。三、從批發、零售環節小規模納稅人購進農產品取得普通發票抵扣了進項稅額。(二)從批發、零售環節納稅人處購進免稅鮮活肉蛋產品。四、向農業生產者購買農產品與從批發零售環節購買農產品未分開核算。建議取得農業生產者開具的普通發票，在備注欄內或具體農產品名稱后注明“農業生產者自產”，以免難以區分。五、2019年4月1日以前收購的農產品，4月1日以后用于生產或委托加工13%稅率的貨物，錯誤地按照2%加計扣除。對于4月1日以后領用農產品用于生產或委托加工13%稅率的貨物，不論4月1日以前收購還是4月1日之后收購，應統一按照1%加計扣除。六、購進農產品既用于生產銷售或委托受托加工13%稅率貨物又用于生產銷售其他貨物或服務的，未分別核算用于生產銷售或委托受托加工13% 稅率貨物和其他貨物或服務的農產品進項稅額。未分別核算的，企業必須統一以增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書上注明的增值稅額為進項稅額，或以農產品收購發票或銷售發票上注明的農產品買價和9% 的扣除率計算進項稅額。存在農產品平均購買單價計算錯誤、扣除率使用錯誤等，或者將取得專用發票的農產品抵扣進項后又進行核定扣除，造成重復抵扣等風險。(一)從非農業生產者處購買的農產品開具了農產品收購發票，存在不予抵扣進項稅額的風險。(二)開具的農產品收購發票品名超出了52號文注釋所列舉的農產品范圍，比如將洗凈毛、洗凈絨、中成藥、方便面、熟制的水產品、肉類熟制品、肉桂油等開具了農產品收購發票。(三)發生了交易，但人為操縱農產品收購數量或價格，造成不繳或少繳稅款，存在行政處罰甚至被認定為虛開發票的風險。對于虛開農產品收購發票或銷售發票的，存在進行行政處罰，依法追究刑事責任的風險。
